Tư tưởng kinh Pháp Hoa rất đa dạng nhưng tựu chung có những tư tưởng cốt yếu như: khẳng định quan niệm Nhất thừa, Phật tính và Pháp thân (sa. Dharmakaya) thường hằng.

Nhất thừa (Ekayana)

Quan niệm này được trình bày, phân tích tổng quát ở phẩm Phương tiện và được triển khai qua các thí dụ ở phẩm Thí Dụ, phẩm Tín Giải, phẩm Dược Thảo Dụ, phẩm Hóa Thành Dụ. Giáo pháp của Phật chỉ ra khổ và con đường diệt khổ. Khi khổ đoạn tận thì giác ngộ.

Đức Phật bảo Xá-Lợi-Phất : "Các đức Phật Như-Lai chỉ giáo hóa Bồ-Tát, những điều làm ra thường vì một việc : chỉ đem tri kiến Phật chỉ cho chúng sinh tỏ ngộ thôi", Xá-Lợi-Phất! Đức Như-Lai chỉ dùng một Phật thừa mà vì chúng sinh nói pháp không có các thừa hoặc hai hoặc ba khác. Xá-Lợi-Phất! Pháp của tất cả các đức Phật ở mười phương cũng như thế.

(...)

Xá-Lợi-Phất! Trong cõi nước ở mười phương còn không có hai thừa hà huống có ba!

Phẩm 2. Phương Tiện, Kinh Diệu Pháp Liên Hoa.

Tuy nhiên, vì căn cơ của mỗi chúng sinh khác nhau nên khả năng tiếp thu kiến thức là khác nhau. Do đó, nếu dùng pháp quá cao siêu để thuyết cho người có căn cơ thấp thì họ sẽ nhanh nản chí trong khi nếu dùng pháp quá hiển nhiên để thuyết cho người hiền trí thì họ sẽ nhanh nhàm chán.

Xá-Lợi-Phất ! Nay ta cũng lại như thế, rõ biết các chúng sinh có những điều ưa muốn, thân tâm mê chấp, ta tùy theo bản tính kia dùng các món nhân duyên lời lẽ thí dụ cùng sức phương tiện mà vì đó nói pháp.

(...)

Xá-Lợi-Phất! Các đức Phật hiện ra trong đời ác năm trược, nghĩa là: Kiếp trược, phiền-não- trược, chúng-sinh-trược, kiến-trược, mệnh-trược. Như thế, Xá-Lợi-Phất, lúc kiếp loạn trược chúng sinh nhơ nặng, bủn xỉn, tham lam, ghét ganh, trọn nên các căn chẳng lành, cho nên các đức Phật dùng sức phương tiện, nơi một Phật thừa, phân biệt nói thành ba. Xá-Lợi-Phất! Nếu đệ tử ta tự cho mình là A-la-hán cùng Duyên-giác mà không nghe không biết việc của các đức Phật Như-Lai chỉ giáo hóa Bồ-Tát, người này chẳng phải là đệ tử Phật, chẳng phải A-la-hán, chẳng phải Duyên-giác.

Phầm 2. Phương Tiện, Kinh Diệu Pháp Liên Hoa.

Cũng giống như các loài cây dù cùng được tưới bởi cùng một cơn mưa nhưng vẫn sinh trưởng, phát triển sai khác nhau (phẩm Dược Thảo Dụ). Phật cũng như là cha của chúng sinh, khi thấy các con mình đang chìm đắm trong ngôi nhà tam giới mà không biết lo sợ nên đành phải dùng phương tiện phân biệt từ một Phật thừa thành tam thừa để tiện bề giáo hóa chúng sinh nhưng sau khi trình độ của chúng sinh được nâng lên thì dùng mỗi Phật thừa nhằm đưa tất cả chứng Phật quả (Phẩm Thí dụ). Con đường tu thành Phật rất gian lao như con đường tìm kiếm châu báu: khi dắt các thợ mỏ qua nhiều nẻo đường gian lao, nhận thấy những người ấy dường như sức lực tàn tạ, ý chí lung lay nên vị thuật sĩ đã dùng pháp thuật tạo ra thành thành phố để người đi nghỉ chân (các quả vị A-la-hán, Duyên Giác) mà lấy sức tiếp tục hành trình ấy (phẩm Hóa Thành Dụ). Tuy nhiên, một số người đã tu theo pháp của Phật chứng được quả A-la-hán thì lại suy nghĩ rằng mình đã nhập Niết-bàn không cần tinh tấn nữa như những kẻ tìm kho báu ở Hóa Thành Dụ hay gã cùng tử sau nhiều ngày lang bạt, được phú ông thuê hốt phân thì lại tham thích việc này mà không có chí hướng vươn lên (phẩm Tín Giải). Do đó, Phật buộc phải thuyết kinh này nhằm đưa các hành giả thoát khỏi ý chí hạ liệt mà tiến tới Phật quả (mục đích cuối cùng của con đường giải thoát).

Phật tính (Buddhadhātu)

Phật tính (Buddhadhatu) hay Như Lai Tạng (Tathāgatagarbha) là một trong những ý niệm quan trọng của Đại thừa. Mỗi chúng sinh đều có sẵn trong mình Phật tính tức khả năng giác ngộ thành Phật hay nói theo kinh Pháp Hoa là Tri kiến Phật. Tuy nhiên, do bị vô minh che đậy mà hầu hết chẳng ai có thể tự nhận biết về kho tàng ấy như thí dụ Bảo châu trong áo (Phẩm Ngũ Bách Đệ Tử Thụ Ký) dầu có ngọc quý trong túi áo nhưng người này vẫn không hề hay biết mà phải lặn lội, vất vả để kiếm sống. Do đó, nhân duyên Phật ra đời cũng vì muốn khai thị cho chúng sinh Tri kiến Phật ấy (phẩm Phương Tiện). Kinh đã trình bày ý niệm về Phật tính trong mỗi chúng sinh qua các lần thụ ký. Phật Thích Ca thụ ký cho các vị đã chứng quả A-la-hán như Xá Lợi Phất (phẩm Thí Dụ), Ma-ha Ca-diếp, Mục-kiền-liền, Tu-bồ-đề (phẩm Thụ Ký) và các vị khác (phẩm Ngũ Bách Đệ Tử Thụ Ký), những vị tỳ-kheo chưa chứng quả A-la-hán (bậc hữu học) như ngài A-nan-đà, La-hầu-la... Đi xa nữa là thụ ký cho các tỳ-kheo-ni (Phẩm Trì) như người dì Kiều-đàm-di, thê tử của ngài (trước khi xuất gia) là Du-già-đa-la... (khả năng giác ngộ không bị ngăn cản bởi giới tính) mà đặc sắc nhất là hình tượng Long Nữ (phẩm Đề-bà-đạt-đa): người này đã thành Phật trong một khoảnh thời gian ngắn hơn việc cúng dường Phật (sự giác ngộ vượt lên mọi ngăn cách giới tính - chống lại sự kỳ thị giới bấy giờ). Hay thậm chí, đỉnh điểm là ngài cũng thụ ký cho Đề-bà-đạt-đa một vị ác tỳ-kheo đang chịu thống khổ ở ngục A-tỳ do những lần hãm hại Phật xuất phát từ sự đố kỵ của bản thân. Ngoài ra, không những là những nhân vật có mặt tại thời điểm ấy mà Phật cũng thụ ký cho bất kỳ người nào (trong đời hiện tại, vị lai) thụ trì, giảng giải kinh Pháp Hoa. Như vậy, tất cả chúng sinh đều được Phật thụ ký - thể hiện tinh thần cốt yếu của kinh Pháp Hoa: đưa mọi chúng sinh đến chỗ Tri kiến Phật.

Pháp thân thường hằng

Mỗi vị Phật toàn giác đều có ba thân: Pháp thân, Ứng thân và Báo thân. Trong đó, Pháp thân không chỉ có ở Phật mà tồn tại ở mọi chúng sinh.